#!/bin/bash

((j=0)); 
for i in ../gro_lw/*.gro; do
    ((j=j+1)); 
    mkdir u$j
    cd u$j
    cp $i  .
    cp ../transition*.mdp .
    cp ../../topol.top .
    cp ../../LIG.itp .
    cp ../../tip3p.itp .
    gmx grompp -f transitionvdw.mdp   -c $i    -p topol.top   -maxwarn 100 -o topolvdw.tpr
    cd ..
done