#!/bin/bash
#SBATCH --job-name test 
#SBATCH -N1 --ntasks-per-node=4
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --ntasks-per-socket=2
#SBATCH --time=2:00:00
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --nodes=50
#SBATCH -A IscrB_NE-RBFE
#SBATCH --partition=m100_usr_prod
#SBATCH --qos=m100_qos_bprod


#load gromacs module (CINECA M100) 
module load profile/lifesc
module load autoload gromacs/2021.4

stat=`ls -d ?0001 | awk '{print substr($1,1,1)}'`
mdir=`ls -d  $stat[0-9][0-9][0-9][0-9]`

mpirun -n 200  gmx_mpi mdrun -notunepme  -v -multidir  $mdir  -s topol.tpr  -ntomp 32 -pin on